Volně prodejné klinické testy

METABOLISMUS XENOBIOTIK

Detekce mutací v genech GSTT1, GSTM1 a GSTP1
Geny GSTT1 (Glutathion S Transferase T1) a GSTM1 (Glutation S Transferase M1) kódují detoxikační enzymy, který se podílí na odbourávání kancerogenních látek a škodlivých metabolitů. Z tohoto důvodu mají důležitou roli v karcinogenezi - vzniku nádorů různých tkání. Testovaná mutace vede k deleci (ztrátě) části sekvence genu GSTT1/GSTM1, tato mutovaná alela se proto označuje jako alela 0. Genotyp 00 (přítomnost dvou nulových alel) způsobuje chybění části sekvence daného genu a vede k poruše tvorby příslušného detoxikačního enzymu. Genotyp 00 v genu GSTT1 nebo GSTM1 způsobuje nižší schopnost detoxifikace škodlivých látek a je asociován se zvýšenou pravděpodobností vzniku různých typů nádorů, zejména pokud jsou vystaveny působení karcinogenních látek (např. kouření). Toto riziko ještě zvyšuje kombinace těchto genotypů navzájem a kombinace s dalšími rizikovými genotypy polymorfismů v genech ostatních detoxikačních enzymů GSTP1 a GSTM3.

Gen GSTP1 kóduje enzym Glutathion-S-transferáza P1, který hraje důležitou roli při odbourávání (detoxifikaci) hydrofobních a elektrofilních látek. Tento enzym se podílí na odbourávání kancerogenních látek a metabolitů v těle, které jsou produkovány enzymem CYP1A1. GSTP1 je rovněž považován za hlavní deaktivátor toxických látek tabákového kouře. Schopnost neutralizovat (detoxifikovat) a vyloučit nadbytečné či potencionálně škodlivé látky z organizmu je pro život velmi důležité. Látky, které se normálně v organizmu nevyskytují, nejsou nutné pro jeho zdravý vývoj a neslouží pro organizmus jako zdroj energie, hovoříme jako o tzv. xenobioticích. Zdrojem xenobiotik je především chemický průmysl a v případě polycyklických aromatických uhlovodíků je to i kouření a nevhodná strava.

Většina látek je vylučována ledvinami a játry, ale mnohé látky se vylučují rovněž plícemi, kůží a sliznicemi. Orgánem, v němž probíhá nejvyšší množství detoxifikačních reakcí, jsou játra. U lidí se rozlišují dvě hlavní fáze detoxifikace. V první fázi detoxifikace dochází k modifikaci látky tak, aby byla schopna v následné druhé fázi spojení s aminy, kyselinami a alkoholy a usnadnilo se tak její vyloučení z organizmu. Významnou roli při konjugačních reakcích, tzn. druhé fázi detoxifikace, hraje spojení látek s glutationem, kdy konjugaci glutationu zesiluje enzym GST vyskytující se v jaterních buňkách. Konjugace látek s glutationem umožňuje rychlejší vylučování toxických látek z organizmu. Bylo zjištěno, že jedinci, kteří mají pouze jednu nebo žádnou alelu glutation-S-transferázy theta-1 (GSTT1) a Mu-1 (GSTM1), mají snížené detoxifikační schopnosti organizmu a je u nich vyšší riziko vzniku nádorů.

BRCA1,2 SCREEN (RAKOVINA PRSU)

Karcinom prsu patří mezi nejčastější maligní nádorová onemocnění žen a jeho výskyt u nás v posledních letech stále stoupá. Karcinomy vaječníků a vejcovodů představují asi 15 % všech maligních nádorů u žen. Riziko vzniku obou těchto malignit se zvyšuje s věkem, nejčastější výskyt je mezi 50. a 60. rokem života, ale v případě dědičných dispozic mnohem dříve, již po 30. roce života. U 5 - 10 % všech karcinomů prsu se jedná o tzv. syndrom hereditárního (dědičného) karcinomu prsu a vaječníků, který je způsoben vrozenou mutací v genech BRCA (BreastCancerAssociated). Geny BRCA jsou tumor supresorové geny (brání nekontrolovatelnému dělení buněk) a jejich produkty se účastní spolu s dalšími oprav poškození ve dvouřetězcové DNA.

HEREDITÁRNÍ KARCINOM PRSU A OVARIÍ (HBOC SYNDROM) (geny BRCA1,2 a PALB2)

Karcinom prsu je dlouhodobě nejčastějším maligním nádorovým onemocněním u žen v ČR. Přibližně 5–10 % nádorů prsu vzniká na podkladě zárodečných mutací v predispozičních genech. Kromě majoritních predispozičních genů BRCA1 a BRCA2 je v poslední době studována také úloha genu PALB2 (Partner And Localizer of BRCA2), který byl stanoven jako další kandidátní gen pro genetické testování pacientů s hereditárním karcinomem prsu v České republice, a dále tzv. genů s nízkou penetrancí, mezi které patří gen CHEK2 (checkpoint kinase 2). Cílem DNA analýzy je odhalit mutaci v genu BRCA1 nebo BRCA2 (Breast Cancer Associated), případně v genu PALB2 nebo CHEK2, která vede k poruše funkce kódovaného proteinu a způsobuje tak zvýšené riziko vzniku karcinomu prsu a vaječníku, v menší míře i jiných nádorových onemocnění – karcinomu slinivky, prostaty, CRC, karcinomu žaludku, melanomu a dalších nádorových onemocnění typických pro HBOC syndrom.

U rizikových osob je doporučována genetická konzultace k zajištění molekulárně genetického vyšetření celé kódující sekvence BRCA1,2 genů. Vyšetření je vždy vhodné zahájit u žijícího člena rodiny, u kterého bylo již nádorové onemocnění zjištěno a to v nejnižším věku. Pokud již nežije žádný člen rodiny, který prodělal nádorové onemocnění a měl by být tedy testován, je molekulárně-genetické vyšetření celé kódující sekvence genů BRCA1 a BRCA2 doporučeno jeho přímým pokrevním příbuzným v riziku.

Test je určen nejen ženám, ale i mužům s rizikovou osobní nebo rodinnou anamnézou, kteří pro toto vyšetření splňují diagnostická klinická kritéria.

Vyšetření je možné provést až po dosažení zletilosti (18 let).

HEREDITÁRNÍ KARCINOM PRSU A OVARIÍ (HBOC SYNDROM) (geny BRCA1,2)

Karcinom prsu je dlouhodobě nejčastějším maligním nádorovým onemocněním u žen v ČR. Přibližně 5–10 % nádorů prsu vzniká na podkladě zárodečných mutací v predispozičních genech. Cílem DNA analýzy je odhalit mutaci v genu BRCA1 nebo BRCA2 (Breast Cancer Associated), která vede k poruše funkce kódovaného proteinu a způsobuje tak zvýšené riziko vzniku karcinomu prsu a vaječníku, v menší míře i jiných nádorových onemocnění – karcinomu slinivky, prostaty, CRC, karcinomu žaludku, melanomu a dalších nádorových onemocnění typických pro HBOC syndrom.

U rizikových osob je doporučována genetická konzultace k zajištění molekulárně genetického vyšetření celé kódující sekvence BRCA1,2 genů. Vyšetření je vždy vhodné zahájit u žijícího člena rodiny, u kterého bylo již nádorové onemocnění zjištěno a to v nejnižším věku. Pokud již nežije žádný člen rodiny, který prodělal nádorové onemocnění a měl by být tedy testován, je molekulárně-genetické vyšetření celé kódující sekvence genů BRCA1 a BRCA2 doporučeno jeho přímým pokrevním příbuzným v riziku.

Test je určen nejen ženám, ale i mužům s rizikovou osobní nebo rodinnou anamnézou, kteří pro toto vyšetření splňují diagnostická klinická kritéria.

Vyšetření je možné provést až po dosažení zletilosti (18 let).

ROZŠÍŘENÝ PANEL GENŮ SPOJENÝCH S ONKOLOGICKÝM ONEMOCNĚNÍM

Metoda masivně paralelního sekvenování umožňuje efektivnější (rychlejší a ekonomičtější) genetickou diagnostiku v oblasti klinické genetiky. Pomocí sekvenováni nové generace můžou být identifikovány nové genetické změny, tj. DNA předispozice, které přispívají k vzniku závažných onemocnění, resp. k onkogenezi, nádorové progresi i metastazování. Tato technologie dnes umožňuje standardně testovat určitou skupinu genů v tzv. panelu genů, kterých poruchy jsou asociované s dědičnými nádorovými onemocněními (např. nádory mléčné žlázy, ovaria, tlustého střeva a konečníku, renálního karcinomu, či různých druhů leukémií). Tímto přístupem získáme komplexnější výsledek pro pacienta, dokážeme přesnější identifikovat konkrétní hereditární syndrom asociovaný s nádorovými onemocněními a poskytnut pacientovi i jeho zdravým příbuzným adekvátní preventivní péči, čím vlastně předcházíme vzniku nádorového onemocnění. Znalost molekulárně genetické podstaty onemocnění umožňuje v rodinách presymptomatickou diagnostiku na úrovni DNA a na jejím podkladě, vypracovat preventivní a léčební strategii.

Onkologická onemocnění se v dnešním světě vyskytují často. Přibližně 5 - 10 % vzniká na základě dědičné dispozice. Cílem genetického vyšetření panelu genů je upřesnit riziko predispozice vybraných nádorových onemocnění a doporučit vhodnou prevenci. Získá se tím komplexnější výsledek pro pacienta v možnosti identifikace genů asociovaných s nádorovými onemocněními.

Tento test poskytuje analýzu všech 219 vybraných predispozičních genů, jejichž mutace jsou příčinou dědičných nádorových onemocnění, jako jsou syndrom dědičného karcinomu prsu a vaječníků, syndromy nádorů trávicího ústrojí, syndrom familiárního melanomu a dalších.

Výhodou využití metody masivně paralelního sekvenování panelu vybraných genů je právě možnost komplexního vyšetření v rámci jednoho laboratorního testu.

CYSTICKÁ FIBRÓZA

Vyšetření mutací a polymorfismů v genu CFTR

Cystická fibróza (CF) patří mezi nejčastější autozomálně recesivně dědičné choroby v bělošské populaci. V České republice je incidence nemocných s CF odhadována na 1/2000 – 1/3000, téměř každý 26. člověk je přenašečem vlohy pro toto onemocnění. Mezi hlavní klinické příznaky pacientů patří neprospívání, recidivující a chronické bakteriální infekce dýchacích cest, které poškozují plicní parenchym a postupně vedou k respirační insuficienci, u mužů k neplodnosti v důsledku CBAVD (Congenital Bilateral Aplasia of the Vas Deferens) s azoospermií. Příčinou choroby jsou mutace v genu CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Gene). Gen CFTR je lokalizován na dlouhém raménku 7. chromozomu (7q31.2) a dosud bylo celosvětově popsáno více než 1500 mutací (viz aktuální stav v Cystic Fibrosis Genetic Analysis Consortium Dabatase – CFGAC; http://www.genet. sickkids. on.ca/cftr/). V české populaci se vedle mutace deltaF508 vyskytují další mutace nejrůznějšího původu. Vyšetření 50 nejčastějších mutací CFTR genu zahrnuje cca 92 % všech mutací CFTR, které se vyskytují u českých pacientů s cystickou fibrózou. V případě rodičů, kteří jsou oba nositeli mutace CFTR genu, je riziko onemocnění CF pro jejich budoucí děti 25 %. K zajištění prevence CF u jejich potomků je prováděna prenatální diagnostika (z choriových klků nebo z plodové vody), je možná i diagnostika preimplantační.

SYNDROM FRAGILNÍHO X (FRAXA)

Syndrom fragilního X je druhou nejčastější příčinou mentální retardace u mužů po Downově syndromu.

Syndrom fragilního X (FRAXA, syndrom Martin-Bell) je X-vázané dědičné onemocnění projevující se mentální retardací často spojenou s dysmorfickými rysy (protáhlý obličej s prominující bradou a velkýma odstávajícíma ušima), u mužů se vyskytuje makroorchidismus. Postižení mají různou míru mentální retardace a bývají u nich popisovány různě závažné poruchy chování, jako jsou poruchy učení, autismus, hyperaktivita. Manifestace fenotypu u prepubertálních chlapců je poměrně nespecifická a variabilní, což znesnadňuje klinickou diagnostiku. Postiženy mohou být také ženy, přibližně polovina nosiček plné mutace má mírnou až střední formu mentální retardace. Syndrom se vyskytuje přibližně s frekvencí 1 – 3 : 4000 u mužů a 1 : 8000 u žen. Syndrom fragilního X je způsoben ve většině případů dynamickou mutací – expanzí trinukleotidů CGG nad 200 opakování v 5 ́ – nepřekládané části genu FMR1 lokalizovaném v oblasti Xq27.3. Následná abnormální hypermetylace promotorové oblasti způsobí umlčení exprese genu FMR1. V důsledku mitotické nestability mutace někteří pacienti vykazují somatický mozaicismus (koexistence premutace a plné mutace), což vysvětluje velkou variabilitu klinické manifestace. U normální formy FMR1 genu kolísá počet opakování (CGG)n mezi 6 a 44 s přerušením 1–3 AGG triplety, přičemž v populaci nejběžnější alely mají 29–30 opakování. Intermediární alely s rozsahem opakování 45–54 tvoří tzv. šedou zónu, nosiči mívají zdravé děti, avšak existuje riziko vzniku alely s plnou mutací v dalších generacích. Alely s rozsahem 55–200 opakování bez abnormální metylace se označují jako premutace. Nosiči premutace nejsou postiženi mentální retardací, ale premutace způsobuje s nízkou penetrancí dvě zcela rozdílné choroby, presenilní tremor/ataxii (FXTAS) a předčasné ovariální selhání u žen, kterým trpí cca 20 % nosiček premutace. Premutace jsou v průběhu meiózy nebo rané embryogeneze nestabilní, a jestliže jsou přenášeny ženou, hrozí expanze CGG-repetice do plné mutace. Oproti tomu premutace přenášené muži jen zcela výjimečně expandují do plné mutace. Riziko vzniku plné mutace se odvíjí od délky mateřské premutace a je u více než 95 % alel s více než 100 opakováními. Nejkratší alela, u které byla popsána expanze v plnou mutaci v jedné generaci, má 59 opakování bez AGG přerušení. Frekvence premutovaných alel v populaci se uvádí 1 : 100–300 u žen a 1 : 250–800 u mužů. Vzhledem k tomu, že produkt genu FMR1 má vliv na ovariální funkce, může stanovení odchylky počtu opakování tripletu CGG od běžného rozmezí (26–34) sloužit v reprodukční medicíně jako další parametr ke zhodnocení ovariální rezervy.

SPINÁLNÍ MUSKULÁRNÍ ATROFIE

Spinální muskulární atrofie (SMA) je druhou nejčastější příčinou úmrtí dětí na autozomálně recesivní onemocnění (incidence 1 na 10000 živě narozených dětí; frekvence nosičů 1 : 47). SMA je nervosvalové onemocnění charakterizované degenerací předních míšních rohů. Protein SMN (Survival Motor Neuron) reguluje přežití motorických neuronů a jeho nedostatek způsobuje progresívní proximální svalovou slabost a atrofii. Příčinou SMA je mutace v genu SMN, přičemž u více než 95 % pacientů se jedná o homozygotní bialelickou deleci exonu 7 v genu SMN1. Zbylá část pacientů zahrnuje složené heterozygoty s delecí v kombinaci s malou intragenovou mutací SMN1 genu a pacienty se SMA fenotypem nezpůsobeným mutací SMN1 genu. Dva téměř identické SMN geny jsou přítomny na dlouhém raménku 5. chromozomu tzv. telomerický SMN1 gen a centromerický SMN2 gen. Zatímco zdraví jedinci mají 1 nebo více kopií genu SMN1 na každém chromozomu, postižené osoby mají mutované kopie na obou chromozomech. Přenašeči mají typicky 1 normální a 1 mutovanou kopii a nejeví žádné příznaky. Stanovení počtu kopií genu SMN1 tedy umožňuje odhalit většinu přenašečů SMA před narozením postiženého dítěte. SMN2 je vysoce homologní pseudogen, většina jeho transkriptů v důsledku záměny 840C›T postrádá exon 7. Protein produkovaný tímto genem nestačí k zabránění onemocnění, nicméně dostačuje k modifikaci fenotypu. Stanovení počtu kopií genu SMN2 má význam pro SMA pacienty, protože čím více kopií pacient má, tím jsou příznaky onemocnění mírnější.

MIKRODELECE Y-CHROMOZOMU

Mužská neplodnost je v určitých případech vyvolána přítomností mikrodelecí v tzv. AZF oblasti (lokalizace Yq11.3). Frekvence jejich výskytu se odhaduje na 1/10 000 živě narozených mužů a byly nalezeny zhruba u 7,3 % infertilních mužů. Oblast AZF je rozdělena do tří podoblastí – AZFa, AZFb, AZFc. Geny vyskytující se v tomto úseku se účastní procesu spermatogeneze a jsou nezbytné pro mužskou reprodukci. Předpokládá se, že každá podoblast je aktivní v jiné fázi spermatogeneze. Byla vypozorována určitá korelace mezi závažností postižení a lokalizací mikrodelece. Pokud dojde k mikrodeleci v podoblasti AZFb a AZFc, pak její fenotypový projev kolísá od azoospermie k oligozoospermii. Mikrodelece v oblasti AZFa má daleko závažnější projev, a to úplnou nepřítomnost spermatogonií.

Při zjištění mikrodelece je doporučeno využití mikrochirurgického odběru spermií (MESA, TESE) a metody asistované reprodukce ICSI. Vzhledem k tomu, že mikrodelece v oblasti AZF se dědí z otce na syna ve 100 %, je možno při průkazu delece Y chromozomu uvažovat o preimplantační volbě pohlaví.

MIKRODELEČNÍ SYNDROMY

Mikrodeleční, a tedy i mikroduplikační syndromy jsou charakterizované jako skupina nejčastějších a klinicky nejzávažnějších tzv. submikroskopických aberací chromozomů způsobených delecí či duplikací specifického segmentu chromozomu. Incidence je poměrně častá 1 : 4000 až 1 : 30000 s rozsáhlým variabilním fenotypovým projevem. Mikrodeleční/mikroduplikační syndromy jsou děděny autozomálně dominantně, avšak převážná část případů vzniká de novo. Genetická heterogenita je častá a odpovědné geny mohou být lokalizovány na různých chromozomech (např. Di Georgův syndrom na 22q i 10q). Některé mikrodeleční syndromy mohou být nejen důsledkem delece, ale i bodové mutace (např. Runbinstein-Taybiho syndrom v 10 % vznikající z mikrodelece a v 90 % z bodové mutace). Delece často zasahuje větší množství důležitých genů, tzv. syndromy přilehlých genů (Contiguous gene syndromes). Test zachytí následující syndromy:

Mikrodeleční syndrom 1p36 (Slavotinek syndrom), Mikrodeleční syndrom 2p16.1-p15, 2q23.1 microdeleční/ mikroduplikační syndrom, Glass syndrom (2q32-q33), Mikrodeleční syndrom 3q29, Mikroduplikační syndrom 3q29, Wolf-Hirschhornův syndrom (4p16.3), Cri-du-Chat syndrom (5p15), Sotosův syndrom (5q35.3), Williams-Beurenův syndrom (7q11.23), Williams-Beurenův duplikační syndrom (7q11.23), Langer-Giedionův syndrom (8q24.12-q24.13), Mikrodeleční syndrom 9q22.3, DiGeorgeův syndrom-2 (10p13-p14), Prader-Williho syndrom /Angelmannův syndrom (15q11.2), Mikrodeleční syndrom 15q24, Rubinstein-Taybiův syndrom (16p13.3), Miller-Diekerův syndrom (17p13.3), Lissencefalie-1 (17p13.3), Smith-Magenisův syndrom (17p11.2), Potocki-Lupski syndrom (17p11.2), NF1 mikrodeleční syndrom (17q11.2), Koolen-de Vriesův syndrom (17q21.31), Mikroduplikační syndrom 17q21.31, DiGeorgeův mikrodeleční syndrom (22q11.21), mikroduplikační syndrom 22q11.2, Phelan-McDermidův mikrodeleční syndrom (22q13), Rettův syndrom (Xq28), MECP2 duplikační syndrom (Xq28), změny počtu kopií X chromozomu, sondy pro detekci mikrodelecí chromozomu Y.